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Convertisseur de format moléculaire

Télécharger un fichier avec la molécule ou de pâte / type de molécule dans la zone ci-dessous.
Sélectionner l'entrée et des sorties que les formats et appuyez sur 'Convert!' bouton.
Molécule dans le format d'entrée
Format d'entrée
Format de sortie
Options          

Utilisation du convertisseur de format moléculaire

Cet outil convertit les données de structure moléculaire entre différents formats de fichiers couramment utilisés en chimie computationnelle et en modélisation moléculaire. Vous pouvez soit télécharger un fichier, soit coller des données moléculaires directement dans la zone de texte.

Sélectionnez simplement votre format d'entrée, collez ou téléchargez vos données moléculaires, choisissez le format de sortie souhaité et cliquez sur « Convertir » pour obtenir la structure convertie.

Options de conversion

Coordonnées du centre

Centre la structure moléculaire à l'origine (0,0,0). Utile pour normaliser les positions moléculaires.

Ajouter des hydrogènes

Ajoute automatiquement des atomes d'hydrogène à la structure lorsque cela est chimiquement approprié. Utile pour la conversion à partir de formats n'incluant pas explicitement d'hydrogène.

Supprimer les hydrogènes

Supprime tous les atomes d'hydrogène de la structure. Utile pour créer des représentations simplifiées ou réduire la taille des fichiers.

Exemples d'entrée

Exemple de format XYZ
3
water molecule
O  0.000000  0.000000  0.000000
H  0.000000  0.000000  1.000000
H  0.000000  1.000000  0.000000

Première ligne : nombre d'atomes, Deuxième ligne : titre/commentaire, Lignes suivantes : symbole de l'atome et coordonnées x, y, z

Exemple de format SMILES
CCO

Représente l'éthanol : CCO avec des hydrogènes implicites

Exemple de format MOL
  Mrv2014 01012100002D          

  3  2  0  0  0  0            999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0000    0.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0000    1.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
M  END

Contient les coordonnées des atomes et les informations de connectivité des liaisons

Conseils pour de meilleurs résultats

  • Assurez-vous que votre sélection de format d’entrée correspond à votre format de données réel
  • Pour les conversions 2D en 3D, les coordonnées peuvent nécessiter une optimisation après la conversion
  • Lors de la conversion aux formats de chimie computationnelle, vérifiez la charge et la multiplicité
  • Les grandes structures peuvent prendre plus de temps à traiter - soyez patient avec les molécules complexes
  • Certaines conversions de format peuvent entraîner une perte d'informations (par exemple, les ordres d'obligations au format XYZ)
  • Vérifiez toujours que la structure de sortie est chimiquement raisonnable

Limitations de taille de fichier

La taille maximale du fichier est 1,024 KB. Pour les fichiers plus volumineux, envisagez de les diviser en structures plus petites ou d'utiliser un logiciel de bureau.

Liste complète des formats moléculaires pris en charge

Ce convertisseur prend en charge plus de 100 formats de fichiers moléculaires différents via OpenBabel. Le tableau ci-dessous présente tous les formats disponibles et leurs fonctionnalités :

FormatDescriptionSaisirSortir
abinitABINIT Output Format
acesinACES input format
acesoutACES output format
acrACR format
adfADF cartesian input format
adfbandADF Band output format
adfdftbADF DFTB output format
adfoutADF output format
alcAlchemy format
aoforceTurbomole AOFORCE output format
arcAccelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format
asciiASCII format
axsfXCrySDen Structure Format
bgfMSI BGF format
boxDock 3.5 Box format
bsBall and Stick format
c09outCrystal 09 output format
c3d1Chem3D Cartesian 1 format
c3d2Chem3D Cartesian 2 format
cacCAChe MolStruct format
caccrtCacao Cartesian format
cacheCAChe MolStruct format
cacintCacao Internal format
canCanonical SMILES format
carAccelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format
castepCASTEP format
cccCCC format
cdjsonChemDoodle JSON
cdxChemDraw binary format
cdxmlChemDraw CDXML format
chtChemtool format
cifCrystallographic Information File
ckChemKin format
cmlChemical Markup Language
cmlrCML Reaction format
cofCulgi object file format
comGaussian Input
confabreportConfab report format
CONFIGDL-POLY CONFIG
CONTCARVASP format
CONTFFMDFF format
copyCopy raw text
crk2dChemical Resource Kit diagram(2D)
crk3dChemical Resource Kit 3D format
csrAccelrys/MSI Quanta CSR format
cssrCSD CSSR format
ctChemDraw Connection Table format
cubGaussian cube format
cubeGaussian cube format
dallogDALTON output format
dalmolDALTON input format
datGeneric Output file format
dmolDMol3 coordinates format
dxOpenDX cube format for APBS
entProtein Data Bank format
exyzExtended XYZ cartesian coordinates format
faFASTA format
fastaFASTA format
fchGaussian formatted checkpoint file format
fchkGaussian formatted checkpoint file format
fckGaussian formatted checkpoint file format
featFeature format
fhFenske-Hall Z-Matrix format
fhiaimsFHIaims XYZ format
fixSMILES FIX format
fpsFPS text fingerprint format (Dalke)
fptFingerprint format
fractFree Form Fractional format
fsFastsearch format
fsaFASTA format
g03Gaussian Output
g09Gaussian Output
g16Gaussian Output
g92Gaussian Output
g94Gaussian Output
g98Gaussian Output
galGaussian Output
gamGAMESS Output
gamessGAMESS Output
gaminGAMESS Input
gamoutGAMESS Output
gauGaussian Input
gjcGaussian Input
gjfGaussian Input
gotGULP format
gprGhemical format
gr96GROMOS96 format
groGRO format
gukinGAMESS-UK Input
gukoutGAMESS-UK Output
gzmatGaussian Z-Matrix Input
hinHyperChem HIN format
HISTORYDL-POLY HISTORY
inchiInChI format
inchikeyInChIKey
inpGAMESS Input
insShelX format
jinJaguar input format
joutJaguar output format
kCompare molecules using InChI
lmpdatThe LAMMPS data format
logGeneric Output file format
lpmdLPMD format
maeMaestro format
maegzMaestro format
mcdlMCDL format
mcifMacromolecular Crystallographic Info
MDFFMDFF format
mdlMDL MOL format
ml2Sybyl Mol2 format
mmcifMacromolecular Crystallographic Info
mmdMacroModel format
mmodMacroModel format
mnaMultilevel Neighborhoods of Atoms (MNA)
molMDL MOL format
mol2Sybyl Mol2 format
moldMolden format
moldenMolden format
molfMolden format
molreportOpen Babel molecule report
mooMOPAC Output format
mopMOPAC Cartesian format
mopcrtMOPAC Cartesian format
mopinMOPAC Internal
mopoutMOPAC Output format
mpMolpro input format
mpcMOPAC Cartesian format
mpdMolPrint2D format
mpoMolpro output format
mpqcMPQC output format
mpqcinMPQC simplified input format
mrvChemical Markup Language
msiAccelrys/MSI Cerius II MSI format
msmsM.F. Sanner's MSMS input format
nulOutputs nothing
nwNWChem input format
nwoNWChem output format
orcaORCA output format
orcainpORCA input format
outGeneric Output file format
outmolDMol3 coordinates format
outputGeneric Output file format
paintPainter format
pcPubChem format
pcjsonPubChem JSON
pcmPCModel Format
pdbProtein Data Bank format
pdbqtAutoDock PDBQT format
pngPNG 2D depiction
pointcloudPoint cloud on VDW surface
posPOS cartesian coordinates format
POSCARVASP format
POSFFMDFF format
povPOV-Ray input format
pqrPQR format
pqsParallel Quantum Solutions format
prepAmber Prep format
pwscfPWscf format
qcinQ-Chem input format
qcoutQ-Chem output format
reportOpen Babel report format
resShelX format
rinchiRInChI
rsmiReaction SMILES format
rxnMDL RXN format
sdMDL MOL format
sdfMDL MOL format
siestaSIESTA format
smiSMILES format
smilesSMILES format
smySMILES format using Smiley parser
stlSTL 3D-printing format
svgSVG 2D depiction
sy2Sybyl Mol2 format
t41ADF TAPE41 format
tddThermo format
textRead and write raw text
thermThermo format
tmolTurboMole Coordinate format
txtTitle format
txyzTinker XYZ format
unixyzUniChem XYZ format
VASPVASP format
vmolViewMol format
wlnWiswesser Line Notation
xedXED format
xmlGeneral XML format
xsfXCrySDen Structure Format
xyzXYZ cartesian coordinates format
yobYASARA.org YOB format
zinZINDO input format

Note: Les formats d'image (PNG, SVG) et les formats d'impression 3D (STL) sont uniquement destinés à la sortie et génèrent des représentations visuelles ou des modèles 3D de structures moléculaires plutôt que des données de coordonnées.

-donnez-nous vos commentaires de votre expérience avec l'équilibreur d'équation chimique.
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